Το ιερό παρεκκλήσιο του αγίου Αντωνίου βρίσκεται στο ανατολικό τμήμα της παλιάς πόλης της Θεσσαλονίκης, στη γωνία των οδών Δ. Μαργαρίτη και Φιλικής Εταιρείας, πολύ κοντά στην πλατεία Ιπποδρομίου, που αποτελούσε, κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας τον πυρήνα του Ελληνισμού της πόλης. Ο ναός του αγίου Αντωνίου είναι μεταγενέστερο κτίσμα, χρονολογούμενο στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνος μ.Χ. και αποτελεί χαρακτηριστικό παράδειγμα «δίκλιτης» κεραμοσκέπαστης βασιλικής με στοά, που δυστυχώς όμως δε σώζεται σήμερα. Ο μικρός ναός που συνοδευόταν και από μία σειρά κτισμάτων ήταν εξάρτημα του παλιού ναού του αγίου Κωνσταντίνου που υπήρχε στη σημερινή πλατεία Ιπποδρομίου και κατεδαφίστηκε, για να κτισθεί στη θέση του, νέος ναός. Η ανατολική πλευρά του ναού του αγίου Αντωνίου στηριζόταν στα τείχη της περιοχής που κατεδαφίστηκαν λίγο αργότερα. Ακόμη υπάρχουν ενδείξεις πως παράπλευρα υπήρχε στον ίδιο χώρο κάποιο αρχαίο κτίσμα, πιθανότατα παρεκκλήσιο, που χρησιμοποιούνταν ως χώρος λατρείας.
Ο άγιος Αντώνιος λειτούργησε και στη Θεσσαλονίκη ως ο προστάτης άγιος των ψυχικά ασθενών, όπως τον θέλει η χριστιανική παράδοση. Μάλιστα βρέθηκαν στο ναό σιδερένιοι χαλκάδες με τους οποίους δένονταν οι ασθενείς έχοντας την ελπίδα και την πίστη ότι ο άγιος θα τους θεραπεύσει.
Πλησίον του ναού υπάρχει και λειτουργεί το Οικοτροφείο Αρρένων Φοιτητών “Ο άγιος Αντώνιος”, στο οποίο διαμένουν φοιτητές διαφόρων σχολών και τμημάτων των πανεπιστημιακών ιδρυμάτων της Θεσσαλονίκης.
