Ήταν 29 Μαΐου του 1453 όταν ο Μωάμεθ ο Β’ ο Πορθητής εισήλθε στην Κωνσταντινούπολη ως κατακτητής μετά από την πολιορκία που ξεκίνησε επίσημα στις 7 Απριλίου. Ο Αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Παλαιολόγος αρνήθηκε όλες τις προτάσεις συνθηκολόγησης και στις 29 Μαΐου έπεσε ηρωικά μαχόμενος ενώ ο Μωάμεθ αφού εισέβαλε και έσφαξε τους υπερασπιστές της Πόλης το βράδυ μπήκε στην Αγία Σοφία και “αναβάς επί της Αγίας Τραπέζης”, κατά τους ιστορικούς, προσευχήθηκε στον Αλλάχ.
Η ημερομηνία αυτή έχει μείνει βαθιά χαραγμένη στη συνείδηση του Χριστιανού, αποτελεί μια θλιβερή επέτειο που για πάντα θα μείνει στις καρδιές των απανταχού Ελλήνων. Η 29η Μαΐου θα είναι πάντα μια ημέρα που θα θυμάται ο κάθε Έλληνας, ο κάθε Χριστιανός σε όλο τον κόσμο όσα χρόνια και αν περάσουν και όσες ενέργειες και αν κάνει η Τουρκία για να σβήσει την Ορθόδοξη πίστη και την Ορθόδοξη ιστορία.Μετά την Άλωση, ο ναός της Αγίας Σοφίας, έδρα ως τότε του Πατριαρχείου, μετατράπηκε σε τζαμί.
Ο Σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ ο Πορθητής παραχώρησε τον κατεστραμμένο πια ναό των Αγίων Αποστόλων στον Πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο, προκειμένου να μεταφερθεί εκεί το Πατριαρχείο.
Η περιοχή όμως κατοικήθηκε από Τούρκους και υπήρχε αυξανόμενη εχθρότητα, καθώς ένα τόσο μεγάλο οικοδόμημα παρέμενε σε χριστιανικά χέρια, ενώ το ίδιο το κτίσμα ήταν σε άσχημη κατάσταση.
Μετά από δολοφονία ενός Τούρκου από Έλληνα, η εχθρότητα αυξήθηκε και έτσι, το 1456, ελήφθη η απόφαση για μεταφορά της έδρας του Πατριαρχείου στη Μονή Παμμακάριστου.
Το 1461, ο Σουλτάνος Μωάμεθ κατεδάφισε τον ναό και στη θέση του οικοδόμησε μουσουλμανικό τέμενος παρόμοιας λαμπρότητας, το Φατίχ τζαμί (Τέμενος του Πορθητή), το οποίο υπάρχει μέχρι σήμερα.
Εκεί βρίσκεται ο τάφος του Πορθητή (Φατίχ) της Βασιλεύουσας, Μωάμεθ Β΄.
