Είκοσι τέσσερα χρόνια πριν, λοιπόν, τη νύχτα της 30ης προς την 31η Ιανουαρίου του 1996, η Τουρκία, εκμεταλλευόμενη μια δύσκολη πολιτική συγκυρία στην Ελλάδα αποβίβασε κομάντος στη μία από τις δύο βραχονησίδες. Είχε προηγηθεί η παραίτηση του ασθενούς πρωθυπουργού Ανδρέα Παπανδρέου και η νέα κυβέρνηση του Κώστα Σημίτη δεν είχε πάρει καν ψήφο εμπιστοσύνης από την Βουλή.
Μέσα σ’ αυτό το κλίμα πολιτικής ρευστότητας, στις 25 Δεκεμβρίου 1995, το τουρκικό φορτηγό πλοίο Φιγκέν Ακάτ είχε προσαράξει σε αβαθή ύδατα κοντά στην Μικρή Ίμια (ανατολική) και είχε εκπέμψει σήμα κινδύνου. Το λιμεναρχείο Καλύμνου –το πλησιέστερο στην περιοχή– διέθεσε ρυμουλκό για να αποκολλήσει το τουρκικό πλοίο, αλλά ο πλοίαρχος αρνήθηκε, υποστηρίζοντας ότι βρισκόταν σε τουρκική περιοχή και άρα οι τουρκικές αρχές είχαν την αρμοδιότητα να του προσφέρουν βοήθεια.
Δύο ημέρες αργότερα, το τουρκικό υπουργείο Εξωτερικών ενημερώνει την ελληνική πρεσβεία ότι, ανεξαρτήτως του ποιος θα ανελάμβανε τη διάσωση του πλοίου, υπήρχε γενικότερα θέμα με τα Ίμια. Με τα πολλά, δύο ελληνικά ρυμουλκά αποκόλλησαν το τουρκικό φορτηγό και το οδήγησαν στο λιμάνι Κιουλούκ της Τουρκίας.
Παράλληλα, διεξάγεται και ο «πόλεμος της σημαίας». Ο δήμαρχος Καλύμνου Δημήτρης Διακομιχάλης, συνοδευόμενος από τον αστυνομικό διευθυντή και δύο κατοίκους του νησιού, υψώνουν την ελληνική σημαία στα Ίμια. Δύο «δημοσιογράφοι» της εφημερίδας Hurriyet μεταβαίνουν με ναυλωμένο ελικόπτερο στη Μικρή Ίμια, υποστέλλουν την ελληνική σημαία και υψώνουν την τουρκική. Το όλο γεγονός βιντεοσκοπείται και κάνει τον γύρο του κόσμου.
Την δραματική εκείνη νύχτα, τρία στελέχη του Πολεμικού Ναυτικού οι Χ. Καραθανάσης, Ε. Γιαλοψός, Π. Βλαχάκος, έχασαν τη ζωή τους. Είναι το πλήρωμα του ελικοπτέρου, που εκτέλεσε αποστολή αναγνώρισης στα Ίμια και συνετρίβη, χωρίς ποτέ να διευκρινιστεί επίσημα εάν το κατέρριψαν οι Τούρκοι κομάντος με τα πυροβόλα όπλα τους. Ο πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης και το ΚΥΣΕΑ είχαν δώσει εντολή στον αρχηγό ΓΕΕΘΑ ναύαρχο Χρήστο Λυμπέρη να στείλει το ελικόπτερο σε αποστολή αναγνώρισης για να διαπιστωθεί εάν πράγματι είχε αποβιβαστεί στη μία βραχονησίδα Τούρκοι κομάντος.
Στις 04.25′ π.μ. η φρεγάτα «Ναβαρίνο» F-461 αναφέρει ότι έχει ήδη απογειώσει το ελικόπτερο της AB-212ASW ΠΝ21, που εκείνη τη στιγμή βρισκόταν πάνω από τη βραχονησίδα και ανέμενε την αναφορά της αναγνώρισης από το πλήρωμά του. Αυτό όμως ήταν και το τελευταίο σήμα. Μετά το στίγμα του ελικοπτέρου χάνεται από τα ραντάρ.
Το ότι Τούρκοι κατόρθωσαν να αποβιβάσουν ομάδα κομάντος στη μία βραχονησίδα συνιστά μία θλιβερή στιγμή για την ελληνική στρατιωτική ηγεσία. Ακόμα παραμένει αναπάντητο γιατί η Μικρή Ίμια είχε μείνει αφύλακτη. Παρ’ όλα αυτά, σε επιχειρησιακό επίπεδο οι ελληνικές Ένοπλες Δυνάμεις εκείνο το βράδυ και ετοιμοπόλεμες ήταν και υψηλό ηθικό διέθεταν και, κυρίως, ήταν σε θέση να απαντήσουν στη βαρύτατη τουρκική πρόκληση.
Η νεοσύστατη κυβέρνηση Σημίτη αιφνιδιάστηκε πλήρως. Είναι ενδεικτικό ότι το ΚΥΣΕΑ συνεδρίαζε στη Βουλή και όχι στο Εθνικό Κέντρο Επιχειρήσεων του ΓΕΕΘΑ. Ο τότε υπουργός Εξωτερικών Θεόδωρος Πάγκαλος, αντί να βρίσκεται μαζί με τον πρωθυπουργό και τη στρατιωτική ηγεσία συμμετείχε σε εκπομπή στον τηλεοπτικό σταθμό Mega! Ο δε αρχηγός της ΕΥΠ περίμενε για ώρες έξω από την αίθουσα που συνεδρίαζε το ΚΥΣΕΑ να τον φωνάξουν!
Όση ώρα διήρκησε η επιχείρηση, η πρωθυπουργός της Τουρκίας Τανσού Τσιλέρ είχε αποφύγει να απαντήσει στις επίμονες συνεχείς τηλεφωνικές κλήσεις του Αμερικανού προέδρου Μπιλ Κλίντον. Οι ΗΠΑ προσπαθούσαν να αποτρέψουν μία πολεμική σύγκρουση, αναλαμβάνοντας ρόλο μεσολαβητή. Οι Τούρκοι ανταποκρίθηκαν μόνο όταν είχαν ολοκληρώσει το τετελεσμένο τους. Έτσι φτάσαμε στη συμφωνία «όχι πλοία, όχι στρατιώτες, όχι σημαίες», με την οποία ουσιαστικά η Άγκυρα κατάφερε να «γκριζάρει» τις δύο βραχονησίδες, δημιουργώντας ένα προηγούμενο, που στη συνέχεια επικαλέστηκε για να διευρύνει τις επεκτατικές διεκδικήσεις της.