Η ΑΑΔΕ αναλαμβάνει πλέον διευρυμένες αρμοδιότητες στον τομέα των ελέγχων, με βασική επιδίωξη την ενίσχυση της διαφάνειας και την καταπολέμηση της φοροδιαφυγής μέσα από έναν ενιαίο, ψηφιακά εξοπλισμένο μηχανισμό εποπτείας.
Η απορρόφηση του Σώματος Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος (ΣΔΟΕ) από την ΑΑΔΕ σηματοδοτεί την πλήρη ενοποίηση των ελεγκτικών υπηρεσιών σε ένα σύστημα που φιλοδοξεί να λειτουργεί χωρίς πολιτικές παρεμβάσεις. Η νέα δομή της ΑΑΔΕ προβλέπει ενιαία διαχείριση των υποθέσεων οικονομικού εγκλήματος, συνδυάζοντας την ελεγκτική εμπειρία του ΣΔΟΕ με τις τεχνολογικές δυνατότητες της Αρχής.
Το ιστορικό ΣΔΟΕ, που ιδρύθηκε το 1997, τίθεται σε τελική κατάργηση με διάταξη που θα συμπεριληφθεί στο επικείμενο νομοσχέδιο για τον νέο Τελωνειακό Κώδικα. Οι αρμοδιότητες, τα μέσα και κυρίως οι έμπειροι 200 υπάλληλοί του μεταφέρονται στην ΑΑΔΕ, όπου σε συνεργασία με τις ειδικές δυνάμεις ΔΕΟΣ θα συγκροτήσουν ένα ενισχυμένο μέτωπο επιτόπιων και προληπτικών ελέγχων.
Ιδιαίτερη σημασία αποδίδεται στον νέο ρόλο της ΑΑΔΕ στον τομέα της αγροτικής πολιτικής, μετά την απορρόφηση του Οργανισμού Πληρωμών και Ελέγχου Κοινοτικών Ενισχύσεων Προσανατολισμού και Εγγυήσεων (ΟΠΕΚΕΠΕ). Η ΑΑΔΕ θα αναλάβει την εποπτεία και τη διαχείριση των αγροτικών ενισχύσεων, με στόχο την ορθολογική και δίκαιη κατανομή των κοινοτικών πόρων.
