Σύμφωνα με τη σχετική ανακοίνωση, η περιοχή των Πρεσπών αποτελεί ένα από τα πιο σημαντικά φυσικά οικοσυστήματα της Βαλκανικής χερσονήσου, όπου συναντώνται σημαντικοί τύποι οικοτόπων, υγροτοπικά και δασικά οικοσυστήματα υψηλής βιοποικιλότητας και εμπίπτει σχεδόν στο σύνολό της εντός δύο προστατευόμενων περιοχών του δικτύου Natura 2000.
Η οικολογική της αξία είναι μοναδική, καθώς φιλοξενεί πλούσια χλωρίδα, συμπεριλαμβανομένων σπάνιων και ενδημικών ειδών, καθώς και σημαντικά είδη άγριας πανίδας, όπως η καφέ αρκούδα, ο λύκος, το αγριόγιδο και πλήθος ειδών ορνιθοπανίδας. Παράλληλα, οι υγροτοπικοί βιότοποι των λιμνών των Πρεσπών παρέχουν κρίσιμα ενδιαιτήματα για σπάνια είδη παρυδάτιας και υδρόβιας ορνιθοπανίδας.
Η έκδοση της σχετικής Υπουργικής Απόφασης αποσκοπεί στην αποτελεσματική προστασία και διατήρηση των περιοχών του δικτύου Natura 2000 και των ειδών που διαβιούν εντός τους, μέχρι την έγκριση της Ειδικής Περιβαλλοντικής Μελέτης και τον καθορισμό χρήσεων γης και διατάξεων προστασίας, μέσω των προτεινόμενων από αυτές σχεδίων Προεδρικών Διαταγμάτων.
Σύμφωνα πάντα με το ΥΠΕΝ, με τους πρόσθετους όρους και περιορισμούς στην περιοχή των Πρεσπών, επιδιώκεται η θεσμική κατοχύρωση ενός υψηλού επιπέδου προστασίας, το οποίο περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, την ανάσχεση της αλλαγής χρήσης γης -η οποία αποτελεί την κυριότερη αιτία απώλειας της βιοποικιλότητας και του δασικού πλούτου σε παγκόσμιο και ευρωπαϊκό επίπεδο-, την αναχαίτιση της κατάτμησης των φυσικών και δασικών οικοσυστημάτων από δρόμους και τεχνητές επιφάνειες, καθώς και τη διατήρηση των τύπων οικοτόπων και των ειδών χλωρίδας, άγριας πανίδας και ορνιθοπανίδας που απαντώνται στη συγκεκριμένη περιοχή.
Η εν λόγω Απόφαση λαμβάνεται σε συνέχεια σειράς άλλων πρόσφατων Υπουργικών Αποφάσεων περιβαλλοντικής προστασίας, όπως για την ανακήρυξη ως «απάτητων βουνών» της κορυφής Στρογγούλα στα Αθαμανικά Όρη και του όρους Πάρνωνα, την παράταση του καθεστώτος σε Σμόλικα και Τύμφη στο Εθνικό Πάρκο Βόρειας Πίνδου και Χατζή στη Θεσσαλία, την απαγόρευση αλιείας με συρόμενα εργαλεία στο νησιωτικό σύμπλεγμα Φούρνων Κορσεών, το Προεδρικό Διάταγμα για περιορισμούς στην αλιευτική δραστηριότητα στην παράκτια ζώνη της Αμοργού.
