Ένα σημείο αναφοράς του υπόγειου δικτύου κατακομβών και στοών της Θεσσαλονίκης είναι η κατακόμβη – Βαπτιστήριο, του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου! Βρίσκεται νοτιοανατολικά της Αγίας Σοφίας στις αρχές του πεζοδρόμου της οδού Ικτίνου. Η ιστορική του σημασία γίνεται ακόμα μεγαλύτερη, εάν θεωρηθεί πως σχετίζεται με την παλαιοχριστιανική βασιλική της Αγίας Σοφίας.
Στον αύλειο χώρο του Αγίου Ιωάννη, σώζεται νυμφαίο ρωμαϊκών χρόνων. Το μέγεθος και η φροντισμένη κατασκευή του δηλώνουν ότι πιθανότητα πρόκειται για δημόσιες θέρμες.
Στο κέντρο της αυλής υπάρχουν τα ερείπια ενός ναού που στο εσωτερικό του υπάρχουν σκαλοπάτια που οδηγούν στις κατακόμβες. Γύρω από την ιστορία της κατακόμβης διασώθηκαν αρκετοί θρύλοι και ιστορίες. Ένας από αυτούς τους θρύλους, που έχει διαδοθεί από στόμα σε στόμα από τους παλιότερους Θεσσαλονικείς, αναφέρει ότι μετά την πυρκαγιά του 1917, ένα μόνο σημείο της πόλης, αυτό όπου βρίσκεται η υπόγεια εκκλησία του Αϊ-Γιάννη, έμεινε στεγνό και ανέπαφο. Αναζητώντας οι περίοικοι απαντήσεις, ανακάλυψαν την εικόνα του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου που είχε μείνει ανέπαφη από τη φωτιά.
Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός πως στο υπόγειο του ναού μέχρι και σήμερα ρέουν υπόγεια νερά.
Όταν το 1892 οι ιδιοκτήτες του οικοπέδου έσκαψαν στο σημείο που βρίσκεται σήμερα ο ναός, ανακάλυψαν κάποια “στοά” ή “κρύπτη”. Τον ίδιο χρόνο έγινε και μια σύντομη ανασκαφή από τον Πέτρο Παπαγεωργίου, ο οποίος ανακάλυψε ένα προσκυνητάρι του 10ου ή του 11ου αιώνα. Σύμφωνα με τις ίδιες αναφορές, στο παρεκκλήσι σώζονταν παράσταση δέησης με προσωπογραφία γενειοφόρου κτήτορα και την επιγραφή «Κύριε μνήσθητι Γεωργίου του Ιορέμη».
Σύμφωνα με τις έρευνες που έχουν γίνει, ο χώρος πληροί όλες τις προϋποθέσεις και για να θεωρηθεί ως ο τόπος μαρτυρίου του Αγίου Δημητρίου. Λέγεται ότι οι κατακόμβες του Αγίου Ιωάννη είχαν επικοινωνία με την Κρύπτη του Αγίου Δημητρίου μέσω ενός υπόγειου δρόμου, ο οποίος μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα σωζόταν , αλλά αργότερα με την κατασκευή του διπλανού δρόμου (Μακένζυ Κινγκ) χάθηκε η επαφή.
Στην κατακόμβη του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, εκεί που μέχρι σήμερα αναβλύζει το αγίασμα, διαπιστώνει κανείς ότι ενώ η υγρασία είναι έντονη, τα τοιχώματα είναι στεγνά. Για να μπορέσει κανείς να περάσει στους χώρους όπου βρίσκεται το αγίασμα, θα πρέπει να σκύψει αρκετά. Η δεξαμενή που υπάρχει στο χώρο ανήκει σε ρωμαϊκό κτίσμα (Νυμφαίο). Πιθανόν να χρησιμοποιήθηκε ως βαπτιστήριο της παλαιοχριστιανικής βασιλικής που υπήρχε στη θέση της Αγ. Σοφίας μέχρι το 620 μ.Χ.
Το παρεκκλήσι πάνω ακριβώς από την κατακόμβη γιορτάζει στις 29 Αυγούστου, ανήμερα της Αποτομής της Κεφαλής του Τιμίου Προδρόμου.
