Το πρόβλημα όπως εξηγήθηκε έχει δημιουργηθεί λόγω υψηλής αλατότητας στην σύσταση των λυμάτων που εισέρχονται στην εγκατάσταση με αποτέλεσμα την φθορά των μεμβρανών επεξεργασίας. Η υψηλή αλατότητα στην σύσταση των λυμάτων προέρχεται από το γεγονός ότι το δίκτυο αποχέτευσης είναι χαμηλότερο από την επιφάνεια της στάθμης της θάλασσας.
Την ίδια ώρα, ο υποθαλάσσιος αγωγός της εγκατάστασης είναι εκτός λειτουργίας όπως εξηγήθηκε λόγω φερτών υλικών που έχουν εισχωρήσει σε αυτόν, ενώ δεν έχει γίνει περιμετρική δενδροφύτευση στην περιοχή του έργου.
Όπως αναφέρεται, «κατά τον έλεγχο στο αντλιοστάσιο ΥΑ1 στην περιοχή ‘Χοχλακάς’ δεν διαπιστώθηκε δυσοσμία που να προκαλεί υποβάθμιση περιβάλλοντος κατά την έννοια του Άρθρου 2 του Ν.1650/86 όπως ισχύει. Κατά την αυτοψία έγιναν συστάσεις στον αρμόδιο φορέα λειτουργίας του έργου για την αποκατάσταση λειτουργίας του συνόλου του έργου με βάση τους εγκεκριμένους περιβαλλοντικούς όρους, των δικτύων μεταφοράς λυμάτων ώστε να αποφεύγεται η αυξημένη αλατότητα στην σύσταση των λυμάτων, την αποκατάσταση των μεμβρανών επεξεργασίας εντός της εγκατάστασης, την αποκατάσταση λειτουργίας του υποθαλάσσιου αγωγού μέσω του οποίου τα επεξεργασμένα λύματα διοχετεύονται στην θάλασσα».
Σύμφωνα με τα συμπεράσματα της έκθεσης μετά την αυτοψία στην Εγκατάσταση Επεξεργασίας Λυμάτων του Δήμου Πάτμου «όπως διαπιστώθηκε και δηλώθηκε ρητά από τον φορέα και υπεύθυνο λειτουργίας του έργου που ήταν παρών στην αυτοψία το τελευταίο διάστημα (εδώ και ενάμιση μήνα) δεν πραγματοποιείται επεξεργασία λυμάτων με αποτέλεσμα αυτά να καταλήγουν ανεπεξέργαστα στην θάλασσα»